Tudo aconteceu durante uma expedição com seu irmão e alguns amigos. A ideia seria explorar juntos uma parte da caverna conhecida como The Big Slide, porém acabaram se separando para investigarem áreas consideradas mais perigosas dentro da cavidade subterrânea. Jones decidiu procurar pela formação conhecida como Canal de Nascimento.
Ao pensar que poderia ter encontrado, começou a tentar entrar na estreita passagem. Ele entrou de cabeça no acesso. A fim de obter algum sucesso na tentativa de sair dali, Jones se movia para a frente com seus quadris, estômago e dedos quando notou que o local era extremamente apertado, ou seja, ele não poderia mais voltar e sair, por onde havia entrado.
O único meio de tentar se soltar era para frente e ele não fazia ideia do que o esperava pela frente. Jones ficou preso a 120 metros dentro da caverna e a 30 metros abaixo da superfície da Terra. Tempos depois, seu irmão Josh o encontrou preso e tentou puxá-lo pelas panturrilhas. Sem obter o sucesso na tentativa de tirar o irmão dali, Josh resolveu pedir ajuda.
Quando os socorristas conseguiram chegar ao local onde Jones estava, já havia se passado cerca de três horas e meia e Jones já estava bem debilitado. Mais de 50 pessoas foram mobilizadas para tentar salvá-lo da passagem estreita, com o plano principal de amarrá-lo em um cabo e puxá-lo. Quando haviam feito um progresso no momento do resgate, a corda se rompeu quando uma das pólias falhou.
Durante esse período de tensão, Jones recebeu água e alimento, mas suas condições físicas pioraram extremamente. “Eles chegaram perto o suficiente para checar seus sinais vitais e verificaram que já estava morto”, disse Cannon na época.
A caverna estava fechada desde 2006, quando incidentes aconteceram dentro dela, e reaberta em 2009, poucos meses antes de John decidir adentrá-la. Com sua morte, Nutty Putty foi interditada para o público para sempre. O corpo de Jones permanece dentro da estreita cavidade, que se tornou seu túmulo eterno.
